Fundusz Kościelny został powołany na mocy ustawy z 20 marca 1950 roku o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego (Dz.U. z 1950 r. Nr 9, poz. 87) . Była to forma rekompensaty dla kościołów za przejęte przez państwo nieruchomości ziemskie. Fundusz ten działa na rzecz kościołów i innych związków wyznaniowych, które posiadają odpowiedni i uregulowany status prawny w kraju. Fundusz Kościelny nie posiada osobowości prawnej. Obecnie jego dysponentem jest Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji. Źródłem finansowania Funduszu jest budżet państwa.

Obecnie w Polsce zarejestrowanych jest ponad 160 kościołów i innych związków wyznaniowych, jednak większość funduszy dostaje Kościół katolicki..

Statut Funduszu definiuje jego główne cele. Fundusz ma przede wszystkim za zadanie konserwować i odbudowywać miejsca poświęcone kultowi religijnemu. Przyznane środki parafie, diecezje czy inni wnioskujący mogą przeznaczyć na konserwację i remonty zabytkowych obiektów sakralnych i kościelnych. Ze środków przekazywanych przez Fundusz odbywają się, więc remonty dachów, ścian i elewacji, czy prace związane z instalacjami wodnymi i elektrycznymi. Z Funduszu Kościelnego nie finansuje się prac dotyczących otoczenia tych obiektów np. chodników i trawników.

Kolejnym zadaniem Funduszu jest udzielanie duchownym pomocy materialnej oraz lekarskiej, czyli dotowanie lub finansowanie składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne. Z możliwości otrzymania tego świadczenie wykluczeni są duchowni będący podatnikami podatku dochodowego od osób fizycznych lub zryczałtowanego podatku dochodowego od przychodów osób duchownych. Fundusz finansuje 80% wysokości tych składek. Stuprocentowe finansowanie składek należy się tylko członkom zakonów kontemplacyjnych klauzurowych i misjonarzom w okresach pracy na terenach misyjnych.

Fundusz wspomagać ma także działalność charytatywną oraz oświatowo-wychowawczą. Celem Funduszu jest wspieranie inicjatyw dążących do zwalczania patologii społecznych oraz współdziałania w tym zakresie z organami administracji rządowej. Dzięki niemu możliwe jest prowadzenie zakładów dla sierot, starców, samotnych matek, szpitali i zakładów leczniczych, a także żłobków i schronisk. Pieniądze z Funduszu mogą pomóc ofiarom klęsk żywiołowych, epidemii i ofiarom wojennym, a także na popularyzację idei pomocy bliźnim.

Dotacje z Funduszu Kościelnego są przyznawane na wniosek osób prawnych Kościołów lub związków wyznaniowych. Mogą być także przyznane z własnej inicjatywy Zarządu Funduszu. Przed podjęciem decyzji o przyznaniu dotacji Zarząd opiniuje wnioski, korzystając z opinii przedstawicielstw, jakie tworzą Kościoły i inne związki wyznaniowe lub władze kościelne. W ustawie budżetowej na 2017 r., na dotacje z Funduszu Kościelnego zabezpieczono kwotę 10 mln zł.