Fundusz Kościelny działa od roku 1950, na podstawie ustawy z 20 marca 1950 roku o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego (Dz. U. z 1950 r. Nr 9, poz. 87). Działa na rzecz Kościołów i związków wyznaniowych, które posiadają uregulowany status prawny na terenie Polski. Finansowanie Funduszu Kościelnego odbywa się z budżetu państwa, a jego największym beneficjentem jest Kościół Katolicki.

W okresie od 15 marca do 28 kwietnia wszystkie kościelne osoby prawne, w tym np. parafie, diecezje, Caritas, mogą złożyć w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji wnioski o przyznanie dotacji na określone cele związane z ich działalnością. Środki uzyskane z Funduszu mogą zostać przeznaczone na przykład na:
- konserwację i remonty zabytkowych obiektów sakralnych,
- prace związane z instalacjami wodnymi, czy elektrycznymi,
- wspomaganie działalności charytatywnej i opiekuńczej, w tym prowadzenie domów opieki dla starców, samotnych matek, sierot, szpitali, zakładów leczniczych, żłobków, schronisk,
- pomoc ofiarom klęsk żywiołowych, epidemii, ofiarom wojny.

Nie można z nich sfinansować prac związanych z utrzymaniem, czy remontem otoczenia obiektów sakralno - kościelnych, np. chodników, czy otaczających ich trawników.

W roku bieżącym na finansowanie w ramach Funduszy Kościelnego zabezpieczono kwotę 10 milionów złotych.

Wnioski, które wpływają do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji są rozpatrywane przez specjalnie do tego celu powołaną komisję. Wcześniej są weryfikowane przez pracowników Wydziału Regulacji Prawnych oraz Wydziału Rejestru Kościołów i Innych Związków Wyznaniowych Departamentu Wyznań Religijnych oraz Mniejszości Narodowych i Etnicznych. Sprawdzają je pod kątem formalnym oraz wydają opinię wstępną.

W skład komisji wchodzą pracownicy wymienionych komórek. Opinia komisji polega na rekomendowaniu Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji wniosków wraz z propozycją wysokości dotacji.